Organem prowadzącym od 01.07.2020 ZespółuSzkół Specjalnych w Samodzielnym Zespole Publicznych Zakładów Opieki Zdrowotnej im. Dzieci Warszawy w Dziekanowie Leśnym jest Samorząd Województwa Mazowieckiego w Warszawie. Nadzór pedagogiczny sprawuje Mazowiecki Kurator Oświaty.